El entorno de la Sierra de Guadarrama presenta una biodiversidad de gran valor por su situación y características geográficas. Esto permite el establecimiento de una serie de hábitats con vegetación mediterránea de montaña que alberga especies de fauna y flora únicas en Europa.
Gracias a este enclave privilegiado, Los Molinos cuenta con algunas de las figuras protección del medio natural más importantes, lo que denota la diversidad y calidad de sus paisajes y su entorno.
- Paisajes y elementos singulares en el medio natural:
- Dehesa de Los Molinos: Algunas de las rutas más espectaculares que puede hacerse en Lo Molinos se encuentran muy cerca del núcleo urbano y en la zona con menor altitud y mejores caminos. la dehesa es un magnífico ejemplo de zona natural de clara transformación antrópica. De hecho es un ecosistema prácticamente único y característico de la Península Ibérica, lo cual le confiere de un valor especial. Se trata de una transformación del bosque mediterráneo en una zona con arbolado más distanciado y que permite generar grandes zonas de pasto. En el caso de la dehesa de Los Molinos, además, contamos con la peculiaridad de ser predominantemente de fresnos, con algún roble y alguna encina, a diferencia de la más habituales de encinas o alcornoques. Realmente, la dehesa conjuga un aprovechamiento agrícola, ganadero y forestal que busca el máximo aprovechamiento de unos terrenos que no son tan propicios para una agricultura extensiva, pero sí lo son para la ganadería extensiva. Todavía hoy se conservan ganaderos y reses que siguen aprovechando las dehesas y las zonas de pasto tan ricas que ofrece esta zona de la sierra madrileña, junto con algunos caballos que siguen dando sentido y vida a este espacio natural.
- Pico de la Peñota: Esta roca granítica que sirve de telón de fondo al municipio de Los Molinos, es uno de los elementos más identificables de esta zona montañosa de la Sierra de Guadarrama. El Alto de La Peñota cuenta con una altitud de 1.945 metros y es el colofón de una cuerda con otros picos destacados, como el Cerro del Mostajo (1.717 metros) o la Peña del Cuervo (1.706 metros). Dicha cuerda nace en el puerto del León y divide el término de San Ildefonso (Segovia) con la Comunidad de Madrid. Además de unas vistas extraordinarias, esta cuerda se encuentra vertebrada por el camino GR10, que transcurre por algunos lugares más espectaculares de la Sierra de Guadarrama y cuyo nclave privilegiado también sirvió para la instalación de diferentes elementos militares (fortines, casas de montaña y búnkeres) durante la Guerra Civil Española (1936 a 1939). Dentro de su fisonomía hidrográfica cabría destacar: los arroyos de los Irrios y Peñota, que son afluentes del río Guadarrama, cuyo cauce atraviesa el municipio junto a su casco urbano.
- El pino solitario o de San Roque: El pino solitario o de San Roque es un pino albar o Pinus sylvestris que se encuentra a unos pocos metros más al sur del pico de La Peñota y es, sin lugar a dudas, uno de los elementos naturales más representativos del municipio. Este árbol singular es un antiguo vestigio de lo que debió ser la ladera de la cuerda de La Peñota, antes del incendio que en el siglo pasado que arrasó con el arbolado de la zona. Pese a su remota ubicación posee un porte de unos 20 metros de altura y 6 de diámetro en la zona baja de su tronco.